Misyonumuz; Bilgiye ulaşmayı, üretmeyi, yaymayı, paylaşmayı ve uygulamayı evrensel boyutlara taşımak; bilimsel, teknolojik ve kültürel birikime katkıda bulunmak; yaratıcı, sorgulayıcı, araştırıcı, katılımcı, liderlik vasıflarına sahip, işine kendini adamış, en yüksek ahlaki değerlerle donatılmış, sosyal sorumluluğa sahip, yetkin ve özgüven sahibi insanlar yetiştirerek Türk toplumunun ve insanlığın refah ve mutluluğuna katkıda bulunmaktır.
Vizyonumuz; Öğretim ve araştırma kalitesiyle fırsatları gören, geleceği şekillendirme noktasında özgün bilgi üreten öncü üçüncü nesil bir yükseköğretim kurumu olmaktır.
Hedeflerimiz; İlimiz ve bölgemiz başta olmak üzere ülkemizin sorunlarını çözmeye yönelik çalışmalar yapan, üniversite / sanayi / toplum işbirliğini sağlamada öncü; İnternet üzerinden yürütülen Ön lisans / lisans / ve lisansüstü eğitim öğretimi etkin bir şekilde yürüten ve servis sağlayan; Geleneksel sanatlarımızın özünü koruyarak çağdaş, kalıcı ve özgün eserler ortaya koyan; Evrensel değerlere saygılı, toplam kalite yönetimi ilkelerini benimsemiş, sürekli gelişen; bir üniversite olmaktır.
29 Mayıs 2007 tarih ve 26536 sayılı Resmi Gazetede yayınlanarak yürürlüğe giren 5662 sayılı Kanunla kurulan Kırklareli Üniversitesi, yeni kurulan Fen-Edebiyat Fakültesi, İktisadi ve İdari Bilimler Fakültesi, Ticaret ve Turizm Eğitim Fakültesi ile Trakya Üniversitesi Rektörlüğüne bağlı iken adı ve bağlantısı değiştirilerek oluşturulan ve Kırklareli Üniversitesi Rektörlüğüne bağlanan Teknik Eğitim Fakültesi ile Sağlık Yüksekokulu ile yedi Meslek Yüksekokulundan ve lisansüstü eğitim için yeni kurulan Sosyal Bilimler Enstitüsü ile Fen Bilimleri Enstitüsünden oluşmaktadır. Kırklareli Üniversitesi ihtiyaçlarında kullanılmak üzere 1315 akademik ve idari personel kadrosu da ihdas edilmiştir.
Ocak 2017'de, Cumhurbaşkanı Recep Tayyip Erdoğan tarafından üniversite rektörlüğüne Prof. Dr. Bülent Şengörür atandı.